Habemus Papam begint met de dood van de paus en met het conclaaf dat zijn opvolger kiest
Eenmaal gekozen raakt de nieuwe paus in een diepe persoonlijke crisis, vanwege de vele verantwoordelijkheden die hem boven het hoofd hangen. Hierbij krijgt hij hulp van een psychoanalyticus, een rol die wordt vertolkt door Nanni Moretti. Habemus Papam ofwel ‘We hebben een paus’ zijn de woorden waarmee bekend wordt gemaakt dat het conclaaf een nieuwe paus heeft gekozen.