Het leven van een zakenman staat volledig op z'n kop als hij zes pinguïns erft en zijn appartement langzaam in een winterland ziet veranderen
Thomas Popper (Jim Carrey) is een succesvol projectontwikkelaar in New York, maar door zijn werk totaal vervreemd van zijn gezin. Maar dat verandert allemaal als zijn avontuurlijke vader hem een pinguïn nalaat. Door een misverstand krijgt Popper er zelfs nog vijf pinguïns bij, die zijn leven op z’n kop zetten.
Als Popper tijdens een fundraiser de eigenaar wil overhalen het pand aan hem te verkopen, zorgen de pinguïns voor een enorme chaos en dreigt hij zelfs zijn baan kwijt te raken. Desondanks gaat Popper steeds meer van de pinguïns houden en leren zij hem een betere vader en echtgenoot te zijn. Dankzij zijn nieuwe kijk op het leven, slaagt Popper er ook nog in de belangrijke deal te sluiten.
Poppers kinderen zijn echter dol op de pinguïns, en om hun liefde voor hem weer terug te winnen, besluit hij de pinguïns te houden. Maar dat valt niet mee, want naast de zorg voor zes pinguïns heeft Popper ook zijn zinnen gezet op een historisch pand in Central Park.