Dankzij een revolutionaire technologie die het beleven van genetische herinneringen mogelijk maakt, kan Callum Lynch (Michael Fassbender) in de huid kruipen van zijn voorvader Aguilar tijdens de 15e eeuw in Spanje.
Callum ontdekt dat hij een afstammeling is van een mysterieus en geheim genootschap, de zogenaamde Assassins. Hij vergaart een grote hoeveelheid kennis en doet ongelofelijke vaardigheden op die hij kan gebruiken om het op te nemen tegen de onderdrukkende en krachtige Templar-organisatie in de tegenwoordige tijd.