De geliefde grootvader van Jake verdwijnt plotseling van de aardbodem maar laat aanwijzingen achter over een mysterie dat deze wereld en tijd overstijgt.
Dankzij de aanwijzingen ontdekt Jake een magische plek: mevrouw Peregrine’s weeshuis voor bijzondere kinderen. Maar als hij kennismaakt met de bewoners en hun bijzondere gaven én hun krachtige vijanden, wordt het mysterie alsmaar groter en gevaarlijker. Jake ontdekt dat zijn eigen ‘bijzondere’ gave het enige is, dat zijn nieuwe vrienden kan redden.