Phantom is een politieke thriller over de gevaarlijke situatie in Zuid Azië. De constante terreur aanvallen in India zorgen voor woede en kwetsbaarheid bij de Indiase bevolking.
De regering en veiligheidsdienst staan machteloos terwijl het brein achter de aanvallen onvindbaar is. Als een indringer met kwade bedoelingen gevangen wordt genomen, besluit het hoofd van de veiligheidsdienst zelf actie te ondernemen.
De film volgt Daniyal, die voor zijn missie afreist naar India, Europa, Amerika en het onveilige Midden Oosten. Hij wordt geholpen, door Nawaz Mistry, die werkt voor een Amerikaanse veiligheidsdienst. Daniyal en Nawaz belanden in een gevecht tegen een genadeloze vijand. Terwijl hun vijand hen achterna zit, ontdekken ze dat deze missie een zeer persoonlijke tol zal eisen…