In Godzilla vs. Kong nemen deze twee mythische tegenstanders het tegen elkaar op in een spectaculaire strijd, waarbij het lot van de wereld op het spel staat.
Kong en zijn helpers ondernemen een gevaarlijke reis om zijn echte thuis te vinden, samen met Jia, een jong weesmeisje met wie hij een sterke band heeft opgebouwd. Ze belanden echter onverwachts op het pad van een woedende Godzilla, die over de hele wereld een spoor van vernieling aanricht. De epische confrontatie tussen deze twee titanen – die wordt beïnvloed door onzichtbare krachten – is slechts het begin van het mysterie dat zich diep in de aardkern bevindt.