Mary Queen of Scots gaat in op het turbulente leven van de charismatische Mary Stuart (Saoirse Ronan) en haar strijd tegen "rivaal" Queen Elizabeth I (Margot Robbie) om de troon van Schotland.
Op haar zestiende werd ze koningin van Frankrijk, op haar achttiende was ze al weduwe. Toch weerstond ze de druk om opnieuw in het huwelijk te treden. In plaats daarvan keerde ze terug naar haar geboorteland Schotland waar ze de troon opeiste. Maar Schotland valt net als Engeland onder de heerschappij van Koningin Elizabeth I (Margot Robbie).
De twee jonge koninginnen kijken zowel met angst als met fascinatie tegen elkaar op. Ze zijn rivalen op het gebied van macht en de liefde. Als vrouwelijke staatshoofden in een mannenwereld moeten ze allebei beslissen of ze een strategisch huwelijk willen sluiten, of dat ze onafhankelijk willen blijven. Mary is vastbesloten om meer te worden dan een boegbeeld voor de Schotten. Ze wil aanspraak maken op de Engelse troon, waarmee ze de heerschappij van Elizabeth bedreigt. Bedrog en samenzweringen in beide hofhoudingen brengen zowel de Engelse als Schotse troon in gevaar en zullen uiteindelijke de loop van de geschiedenis bepalen.