The Mauritanian vertelt het waargebeurde verhaal van Mohamedou Ould Slahi die door de Amerikaanse regering werd opgepakt voor de aanslagen op 9/11 en zonder enige vorm van rechtspraak gevangen werd gezet in Guantamo Bay.
Wanneer hij alle hoop dreigt te verliezen, vindt hij bondgenoten in advocaat Nancy Hollander (Jodie Foster) en Teri Duncan (Shailene Woodley). Ze worden tegengewerkt door militair aanklager Stuart Couch (Benedict Cumberbatch).