De jaren 70, een majoor van de veiligheidsdienst wil de goedgelovige priester Zieja 'omkopen' en hem in een agent veranderen die de oppositie in diskrediet brengt.
De ondervragingen van de priester worden een natuurlijk voorwendsel voor een reis door de geschiedenis van Polen in de twintigste eeuw: Van de oorlog van 1920 via de Tweede Wereldoorlog tot de moderne tijd. Het blijkt dat de schijnbaar naïeve pater Zieja eigenlijk een slimme rebel is. De wereld waarin hij leefde was onaanvaardbaar voor hem. Hij was zijn tijd vooruit. Een eenzame reis zonder paspoort naar Rome in de jaren dertig veranderde in gedachten aan een Europese Unie. Het uitvoeren van de katholieke begrafenisrituelen van een vrouw die zelfmoord pleegde (in de jaren 20 van de vorige eeuw) was een protest tegen de regels van de kerk. Het uitroepen van de slogan "vermoord nooit iemand, zelfs je vijanden niet" tijdens de Tweede Wereldoorlog, was tegen patriottische mythologieën en voorspelde toekomstige pacifistische opvattingen. Zieja zet zijn leven en vrijheid op het spel in naam van morele, ethische en religieuze waarden waarin hij geloofde. De film "Zieja" is geworteld in de beweging van het Poolse katholicisme, die is gebaseerd op hoge ethische normen, armoede en tolerantie, evenals respect en liefde voor andere mensen.