De tiener Emily Elizabeth ontmoet een magische dierenbeschermer die haar een kleine, rode puppy geeft. Ze had nooit verwacht dat ze wakker zou worden met een gigantische hond van wel drie meter in haar kleine appartementje in New York.
Haar alleenstaande moeder is de stad uit voor werk waardoor Emily en haar leuke maar impulsieve oom Casey (Jack Whitehall) samen op een spannend avontuur gaan in de grote stad. Clifford de Grote Rode Hond is gebaseerd op het geliefde personage uit de "Clifford The Big Red Dog" boekenserie van Norman Bridwell uitgegeven door Scholastic. Clifford laat zien dat er op de wereld voor iedereen plek is.