In een nieuw avontuur verlaten Alex de leeuw en zijn vrienden Madagascar en belanden ze in de jungle van Afrika, waar Alex zijn familie ontmoet
De leeuw Alex (Ben Stiller), de zebra Marty (Chris Rock), de giraffe Melman (David Schwimmer) en het nijlpaar Gloria (Jada Pinkett Smith) uit de dierentuin van New York zijn beland op het eiland Madagascar. Ze vatten het plan op om terug te gaan naar Amerika, maar de reis verloopt iets anders dan ze verwachten. Ze stranden in de jungle van Afrika, waar Alex de leeuw de rest van zijn familie ontmoet. De communicatie gaat niet bepaald soepel.